Prison Break. - Staffel 2.
Die Zweite Staffel beginnt acht Stunden nach dem Ausbruch der insgesamt acht Häftlinge aus dem Fox-River-Gefängnis. Neben der Polizei werden sie auch von Special Agent Alexander Mahone und den beiden ehemaligen Gefängniswärtern Bellick und Geary verfolgt. Agent Paul Kellerman wird währenddessen beauftragt, Sara Tancredi zur Herausgabe von bestimmten Information zu bewegen und sie anschließend zu töten.
Burrows’ Entlastung wird durch die Ermordung Veronica Donovans verhindert, kurz nachdem sie festgestellt hat, dass Terrence Steadman noch lebt. Scofield und Burrows trennen sich später von den anderen Flüchtigen. Diese möchten zwar ihre eigenen Ziele verfolgen, treffen jedoch denselben Entschluss, nach Utah zu gelangen, um fünf Millionen US-Dollar zu holen, die Charles Westmoreland dort versteckt hat.
Scofield und Burrows schließen sich in Utah notgedrungen mit T-Bag und Apolskis zusammen. Als sie den Verbleib des Geldes ausgemacht haben, stoßen Fernando Sucre und Benjamin Miles Franklin zu ihnen. Nach einem wirren Durcheinander schafft es T-Bag, mit den fünf Millionen US-Dollar zu fliehen.
Mittlerweile sind David Apolskis und John Abruzzi vom FBI-Agenten Alexander Mahone erschossen worden. Später begeht Charles „Haywire“ Patoshik Selbstmord in Anwesenheit von Mahone. Bill Kim, einer der Köpfe der Company, beauftragt Mahone, die restlichen Häftlinge zu erschießen.
Michael und Sucre gelingt es, einen Flug nach Mexiko in die Wege zu leiten. Dabei trifft Michael urplötzlich auf seinen Vater, der gemeinsam mit Lincoln am Treffpunkt erscheint. Schließlich taucht Mahone auf, der Michaels Vater erschießt. Scofield entschließt sich jedoch, sich zusammen mit seinem Bruder Lincoln auf die Suche nach Sara zu machen, sodass Fernando Sucre die Flucht mit dem Flugzeug alleine fortsetzt.
Nachdem sich Sara Tancredi von Kellerman befreien konnte, bekommt Kellerman Schwierigkeiten mit seinem Auftraggeber Bill Kim. Kellerman soll nun zusammen mit Mahone die beiden Scofield-Brüder noch während des Gefangenentransportes töten.
Kellerman bringt die Scofield-Brüder in Sicherheit und führt sie schließlich zu Terrence Steadman. Steadman begeht allerdings kurze Zeit später Selbstmord, seine Identität wird öffentlich nicht aufgedeckt.
Mahone holt Bellick nach einiger Zeit aus dem Gefängnis, um mit ihm zusammenzuarbeiten. Sara misstraut Kellerman und ist besorgt, weil Michael und Lincoln mit ihm zusammenarbeiten. Nun sind sie aber auf dem Weg nach Chicago, um an einen USB-Stick mit einer aufgezeichneten Konversation zwischen Terrence und seiner Schwester Caroline (die nach dessen angeblicher Ermordung stattfand), die die Unschuld von Lincoln beweisen soll, zu gelangen.
Bei einem Empfang der ehemaligen Vize-Präsidentin Caroline Reynolds, die durch die Vergiftung des Präsidenten mittlerweile selbst zum Staatsoberhaupt der USA ernannt wurde, wird Michael Scofield von Bill Kim gefasst und unter Folter verhört. Präsidentin Reynolds erscheint und führt anschließend ein Gespräch alleine mit Michael. Mit dem Tonband will Michael eine Begnadigung für ihn und seinen Bruder erzwingen. Präsidentin Reynolds geht zunächst auf die Forderungen ein und lässt Michael frei.
Nachdem Reynolds anschließend von Bill Kim bedroht wird, verkündet sie ihren Rücktritt, so dass Michael und Lincoln ihren einzigen Ausweg nur in einer Flucht nach Panama sehen. Dort treffen sie später auch auf T-Bag, Sucre, Bellick und Mahone. Nach einigen Verwicklungen werden Bellick (wegen Mordverdacht) und Mahone (Verdacht auf Drogenhandel) in das Gefängnis Penitenciaría Federal de Sona gebracht.
Währenddessen wird Sara Tancredi in den Vereinigten Staaten wegen Beihilfe zur Flucht angeklagt. Als der ehemalige Company-Mitarbeiter Paul Kellerman sie mit stichfesten Beweisen entlastet, wird Lincoln Burrows freigesprochen, der es allerdings erst dann erfährt, als Tancredi zu seinem Bruder und ihm nach Panama kommt. Die drei treffen sich auf einem von Michael georderten Motorboot, wo Bill Kim plötzlich auftaucht. Als er Lincoln erschießen will, wird er von Sara getötet. Michael opfert sich für Sara, und stellt sich beim Militär selbst für den Mord. Er kommt darauf ebenfalls in das Gefängnis Penitenciaría Federal de Sona.