Prison Break. - Staffel 3.

Scofield ist zusammen mit Mahone, Bellick und T-Bag in dem Gefängnis Sona inhaftiert. Seit dem letzten Aufstand der Gefangenen wird die Haftanstalt von den Wärtern nur noch außerhalb der Mauern kontrolliert, um Flüchtige stellen zu können. Die Gefangenen haben unter Führung des Drogenbosses Lechero ihre eigene Hierarchie eingerichtet. Einen Kampf auf Leben und Tod mit einem Mitgefangenen kann Scofield nur mit Hilfe Mahones gewinnen und somit überleben.
Susan B. Anthony, eigentlich Gretchen Morgan, trifft sich im Auftrag der Company mit Burrows. Die Company will unter anderem erreichen, dass Scofield aus Sona ausbricht und dabei den Mitgefangenen James Whistler befreit. Als Druckmittel werden Sara und Burrows Sohn von der Company gefangengehalten.
Weil Whistler den Sohn des Bürgermeisters von Panama City ermordet haben soll, kann derjenige, der Whistler findet und tötet, aus dem Gefängnis entlassen werden. Daher lebt er eingemauert in der Kanalisation des Gefängnisses.
T-Bag hat sich mittlerweile das Vertrauen von Lechero erarbeitet. Michael gelingt es, T-Bag zu erpressen und somit an ein Handy zu gelangen. Sara gelingt es, Michael unbemerkt ihren Aufenthaltsort mitzuteilen. Michael telefoniert mit Lincoln und führt ihn dorthin, doch die Kidnapper können mit L.J. und Sara entkommen. Gretchen warnt Lincoln davor, so etwas nochmal zu versuchen. Um dies zu verdeutlichen, legt sie ihm ein Päckchen in die Garage des Hotels, in dem sich der abgetrennte Kopf von Sara befindet.
Um die Flucht aus Sona zu ermöglichen, wird Fernando Sucre mit Hilfe von Lincoln und Gretchen für die Stelle als Leichenentsorger in Sona eingesetzt. Mit einer Chemikalie gegen Verwesungsgeruch, die ebenfalls die Eigenschaft besitzt, Metall zu zersetzen, wird der Zaun benetzt.
Nach einem gescheiterten Versuch, mit Whistler aus Sona auszubrechen, wird Lechero vom Oberwärter von Sona entmachtet. Lechero verbündet sich daraufhin mit Michael. Zusammen beschließen sie, einen Tunnel in einem unterirdischem Kanalsystem zu graben, welcher von Lecheros Zelle aus erreichbar ist.
Währenddessen bemerkt Sofia, Whistlers Lebenspartnerin, dass ihr Mann doch nicht so unschuldig ist. Sie entdeckt mehr und mehr, wer sich hinter dem Namen James Whistler befindet und wird ihm gegenüber immer skeptischer. Schließlich wird sie von Gretchen ebenfalls gefangengenommen und als Druckmittel verwendet.
Bei einem weiteren Fluchtversuch werden T-Bag, Bellick und Lechero gefangengenommen. Mahone, Whistler, Michael und ein weiterer Gefangener, Luis, nutzen die Ablenkung der Wärter, wodurch ihnen die Flucht durch den zerstörten Zaun gelingt. Durch Zufall wird jedoch Sucre festgehalten und ebenfalls in Sona inhaftiert. Michael arrangiert in einem Museum einen Austausch von Whistler gegen L. J. und Sofia.
Am Ende der dritten Staffel bleiben Bellick, T-Bag und Sucre in Sona inhaftiert. T-Bag erzählt Lechero von einer angeblich korrupten Wache, die sich für 50.000 Dollar bestechen lasse. Lechero wird von T-Bag getötet, nachdem er das Geld besorgt hat. Mit einer mitreißenden Ansprache und Lecheros Geld gewinnt T-Bag das Vertrauen der Gefangenen für sich. In einer Schlussszene sieht man, wie Whistler Mahone einen Job bei der Company anbietet und dieser einwilligt. Lincolns Sohn und Sofia scheinen in Sicherheit. Michael entschließt sich, Gretchen, die Sara getötet hat, zu jagen und zur Strecke zu bringen.